Востоковедение ВШЭ имеет более прикладной характер. В МГУ ты сможешь выбрать то направление, которое тебе по душе: политика, экономика, культура. В вышке можно выбирать язык, в МГУ нет. Я бы своё предпочтение отдала ВШЭ, поскольку там более современный подход к восточному миру.