Вопрос сложный. Зависит от того, где ты хочешь в последствие жить и работать: в Москве или в Питере. Да, можно после Питера переехать в Москву и наоборот, но это скорее редкость. Обычно остаешься либо в городе, где учился, либо возвращаешься к себе в родной город. В этом плане Москва будет перспективнее, конечно. Другой нюанс: в Питере это всё-таки филиал, о чём будет написано в дипломе, соответственно он будет цениться ниже, чем московская Вышка. Думаю, что уровень образования должен быть примерно равным. Из того, что успел заметить, пока изучал программу по экономике в филиале ВШЭ, то можно поставить им плюс за большее разнообразие предметов, но в основном гуманитарного толка (менеджмент и т.д.). Кажется, что если хочешь потом работать в аналитике, то это тебе, по сути, ничего не даёт, т.к. для этой сферы нужна мат. база, которая на ОЭ ЭМИТ точно сильная. Про филиал ВШЭ в этом плане не знаю, можешь поспрашивать студентов.
Подводя итог: если хочешь больше перспектив, то Москва будет лучше. Если хочешь качественное мат. образование, то возможно ОЭ ЭМИТ будет лучше. Если вообще не знаешь, кем хочешь быть, то филиал ВШЭ может лучше зайти, т.к. там больше выбор различных предметов.