Здравствуйте!
Головной вуз и его филиал это одна образовательная организация в рамках которой до 5 направлений подготовки Вы можете выбрать и подать документы

Добрый день, не уверена про какой вуз вы говорите, но могу привести пример на МГТУ им. Н.Э. Баумана. Допустим, что мы можете подать на 3 направления, вы уже подали на 2 в Москве, вы можете выбрать еще 1 в филиале и это всё будет считаться одним университетом. Или же вы можете подать на 1 направление из трех во все 3 филиала, это тоже будет считаться одним направлением в один университет

ВУЗ и его филиалы будут считаться одним заведением, будут занимать одну "попытку"