Конечно, лучше идти в МФТИ. В МГУ уже устаревшие программы и преподы...

ИТ отрасль быстро развивается, никто 10 лет назад не мог предположить на каких должностях и с какими системами будет работать. Но при желании всегда можно подстроиться и сориентироваться. Плюс все люди разные и способности также разные. Ценятся эксперты в своем деле. Поэтому выбирайте что вам по душе и развивайтесь в этом направлении. Образовательные программы как правило довольно широкие, позволяют подготовиться к разным специализациям, а не затачивают под одну конкретную вакансию.

Можно ещё рассмотреть факультет МКН в СПбГУ (программы "Современное программирование", " Науки о данных "). Там как раз готовят ML - прогеров.