Эх, крутость корочки. Смотри, простая аналогия. Чтобы поступить в вуз на бюджет, тебе нужно сначала набрать минимальный балл по ЕГЭ, а потом уже соревноваться в конкурсе ЕГЭ/БВИ. Так же и с собеседованием: наличие корочки позволяет тебе подать заявление работодателю, хотя в отличии от мин. балла ЕГЭ она может быть и необязательной. А потом уже идёт собеседование, вот там то нужны именно знания, а не корочка. Так что в идеале ты должен выбирать вузы качеству образования, а не по крутости корочки. Отвечая на твой вопрос: скорее всего качество образования будет лучше в вышке, но опять же это имхо и лучше проверь все сам. А стипендия лишь способ заманить на бюджет, не более.

Вы не пишете про направление подготовки, но по сути нужно сесть и проанализировать что для вас важно - практика, теория, активная внеучебка и т.п.
Сравнить учебные планы - какие дисциплины, последовательность.
По поводу стипендии нужно уточнить на какой период вам ее назначат.
Также скорее всего в случае, если в вшэ не понравится, вы сможете вернуться к себе без проблем. А если "манит", но не рискнете, потом будете жалеть и думать "а что если".

Подбрось монетку